1964年7月24日生於東京，本名是吉本真秀子。她出身文壇世家，父親是左派文學評論家吉本隆明，姊姊是有名的漫畫家吉本宵子，母親也常作俳句。

　　小時起一直愛看漫畫書，尤其少女時期，她最愛看的漫畫是藤子不二雄所畫的《怪物》、《Ｑ太郎》，這些作品當中所呈現的幻想世界使得後來她的作品風格有了極大的影響。她天生弱視，有一段時間幾乎是完全看不見的，也因為這樣，她的觸覺和聽覺相對發達，對於外界感應也特別強。

本來很活躍的她，進入高中之後，整個人突然變得很封閉，這段時間她接觸了太宰治的文學作品，將太宰治的三十七本著作都讀完，而這些作品多少影響了那條以小說「廚房」開始的作家吉本芭娜娜之路。她進入日本大學藝術學院以後，逐漸脫離了自閉的生活。