易受水質與岸邊環境影響。河川上游流速快，含氧量較下游高，污染也較少。
河川可粗分為上游森林區及下游農墾區或都會區。上游森林區的能源主要來自枯枝落葉。

枯枝落葉首先為水棲昆蟲利用，繼而其他動物以水棲昆蟲為食，形成河川生態系之食物鏈。農墾區及都會區，河水可能因有機汙染而缺氧，並不利水生生物之生存。