2006年11月13日，經建會審議通過由行政院內政部營建署所提出的「東沙環礁國家公園計畫(草案)」12月19日經行政院核定；2007年1月17日，內政部正式公告設立。總面積大約為353,667.95公頃，範圍包括8萬公頃的環礁核心保護區和外圍12浬領海界限以內之海域，而考量海洋為一開放生態系，涉及之鄰近區域和洄游物種都需考量，故在主要核心保護區外劃設12浬緩衝區，為特別景觀區範圍。區內的地形包含有礁台、潟湖、沙洲、淺灘、水道及島嶼等特殊自然地形，面積以100潯（即180公尺）等深線為界，以及東沙島本身174公頃的陸地部分，周圍海岸線長約8公里，為中華民國面積最大的國家公園，也是中華民國首座海洋國家公園。設立初期，暫不開放觀光遊憩或一般參訪活動。
東沙環礁位於南海北部海域，古有「月牙島」之美稱，此環礁東北距高雄240浬、澎湖230浬，北距汕頭140浬，西距香港170浬、海南島360浬，南距南沙太平島640浬、馬尼拉420浬 。
東沙島位於東沙環礁之西邊，是東沙環礁中唯一露出海面之陸礁島嶼，該島位居臺灣海峽南端，東控巴士海峽，西扼海南島、廣東及港澳船艦進出之門戶，地理位置十分優越，目前行政區域之劃分係由高雄市政府代管中。